Bald nach dem Ende des ersten Weltkrieges begann der Nationalsozialismus seine Schatten vorauszuwerfen. Schon 1923 sah sich der CV-Ausschuß gezwungen zur Frage der Mitgliedschaft von CVern bei der NSDAP Stellung zu nehmen. Wegen des mit der kath. Lehre unvereinbaren Programms des Nationalsozialismus wurde beschlossen, daß kein Angehöriger des CV mit oder ohne Couleur das Hakenkreuz tragen dürfe. Auf Grund verschiedener Urteile deutscher Bischöfe entschied sich auch 1932 die CVV in München, die Mitgliedschaft von CVern bei der NSDAP oder der nationalsozialistischen Studentenorganisation zu verbieten.

Mit fanatischem Haß bekämpfen die nationalsozialistischen Studenten die kath. Verbindungen. Schon im November 1932 kam es in Graz und Innsbruck zu schweren Ausschreitungen. Im Dezember gab es auch auf der Wiener Universität blutige Zusammenstöße, die die "Kath. Hochschülerschaft", in der auch der CV vertreten war, veranlaßte, aus der Deutschen Studentenschaft auszutreten. Dieser Schritt stieß bei deutschen CV-Verbindungen auf schärfsten Widerspruch. Hier hatte die Machtergreifung Hitlers binnen kurzer Zeit auch eine grundlegende Haltungsänderung gegenüber dem Nationalsozialismus herbeigeführt. Vor allem die 25 zum sogen. Weißen Ring zusammengeschlossenen Korporationen waren stark mit nationalsozialistischen Tendenzen durchsetzt. Aus diesen Reihen kamen heftige Angriffe gegen die österr. Verbindungen, sowie den Vorort Aenania, der es unterlassen hatte, sich sofort dem neuen Regime zu bekennen. Die Breslauer Verbindung "Rheno-Palatia" stellte den Antrag, alle österr. Verbindungen, die dem Austritt aus der "Deutschen Studentenschaft" zugestimmt hatten, aus dem Verband auszuschließen und die Dimission von Bundeskanzler Dollfuß und Heeresminister Vaugoin bei ihren Korporationen zu erzwingen. Zwar erreichte der Vorort "Aenania", daß diese diskriminierenden Forderungen zurückgezogen wurden, doch konnte über eine ultimative Aufforderung an die österr. Verbindungen nach Abgabe eines Bekenntnisses zur großdeutschen Idee keine Einigung erzielt werden.

Als schließlich der Verbandsführung ein nationalsozialistischer Stabsleiter vorgesetzt wurde, der als erste Tat den Ausschluß von Bundeskanzler Dollfuß verfügte, war ein weitere Verbleiben der österr. Korporationen im Gesamtverband nicht mehr möglich. Bei einer dramatischen Sitzung im "Weißen Turm" dem Club der Wiener Altherrenschaft, führte Hofrat Krasser, der verdiente Philister Senior der "Norica" und Gründer des ÖCV-Beirates, die Entscheidung herbei: man beschloß, lieber alle Konsequenzen ertragen zu wollen, als die ideellen Fundamente des Cartellverbandes zu verlassen. In einem Brief an den deutschen Vorort wurde schließlich bekannt gegeben, daß "Die österr. Verbindungen mit Wirkung vom 10.7.1933 ihre Abschaltung vom Reichsdeutschen CV vorgenommen, und sich als eigener Verband unter dem Vorort Norica zusammengeschlossen haben". Damit war der dritte österr. Cartellverband gegründet.

Dieser Entscheidung kommt historischer Bedeutung zu. Hätten die österr. Korporationen den nationalspezialistischen Kräften im CV nachgegeben, wären dem Nationalsozialismus in Österreich ungeahnte Einflußmöglichkeiten offengestanden. In den folgenden Jahren stellte der Cartellverband eine der stärksten Stützen des eigenständigen österr. Staatsbewußtseins dar. Wäre dieser Pfeiler schon 1933 gefallen, hätte Hitler mit der Okkupation wohl nicht bis 1938 zu warten brauchen.

Wie sich ein Nachgeben gegenüber dem nationalsozialistischen Einfluß auswirkte, zeigte schon bald das Beispiel des Deutschen CV. Die von obenher eingesetzte Führung entkleidete den Verband rasch seiner wesentlichsten ideellen Grundlagen. Durch Befehl vom 31.1.1934 wurde das Prinzip Katholizismus aufgegeben und kurz später das Duellverbot aufgehoben. Ein Jahr darauf folgte schließlich die Auflösung des Verbandes.

In Österreich hatte die schwere Krise bloß zu einer Stärkung des CV-Gedankens geführt. Noch 1922 wurde in Wien die erste CVV des ÖCV abgehalten, auf der Norica als Vorort bestätigt wurde. Neue Verbindungen stießen zum Verband, durch die sich bis 1935 die Zahl der ÖCV-Korporationen auf 26 erhöhte.

Die politische Spannung nahm inzwischen immer mehr zu. Nicht nur seinen Exponenten im öffentlichen Leben sondern auch in der eindeutigen Haltung des ganzen Verbandes legte der ÖCV ein Bekenntnis seiner unverbrüchlichen Treue zu Österreich ab. Erneut kam es zu schweren Auseinandersetzungen, die vor allem auf Hochschulboden ausgetragen wurden. Brutale Gewaltakte gegen CVer die sich im Couleur zeigten, wurden immer häufiger. Für den kath. Farbstudenten der Zeit vor 1938 gab es, wo immer er auch stand, nur die eine Aufgabe: Kampf um sein Vaterland, Einsatz für Österreich. Als Österreich durch die Besetzung durch Hitler am 13. März 1938 seine Freiheit verlor, war daher das Schicksal des Verbandes besiegelt.

Mit beispielloser Wut verfolgten die Nationalsozialisten den CV. Sofort nach dem Bekanntwerden des Einmarsches der deutschen Truppen verfielen die meisten Verbindungsheime der Plünderung. Bald darauf wurden alle CV-Korporationen behördlich aufgelöst und ihnen jede weitere Tätigkeit strengstens verboten. Eine groß angelegte Verhaftungswelle setzte ein. Die Gefängnisse und Konzentrationslager füllten sich mit CVern. Einzelne mußten ihr tapferes Bekenntnis mit dem Leben bezahlen.

Trotz Terror und Verfolgung gelang es nicht, den Verband zu zerschlagen. Der CV ging in den Untergrund. Im Geheimen führten die Verbindungen auch nach der offiziellen Auflösung ihren Betrieb weiter. Es wurde rezipiert und geburscht, sodaß wenn auch nur in sehr beschränktem Ausmaß, Nachwuchs vorhanden war. Sehr hemmend für den illegalen Verbindungsbetrieb wirkte sich der Ausbruch des zweiten Weltkrieges aus. Viele Aktive mußten einrücken. Ein großer Teil von ihnen kehrte nicht mehr zurück.

In ganz einmaliger Weise wurde in dieser Zeit äußerster Not die Begeisterungskraft der CV-Idee durch die Gründung einer neuen kath. Couleurverbindung unter Beweis gestellt. Eine Gruppe Innsbrucker Studenten, die den CV von früher her kannten, schlossen sich 1940 zur Alpinia zusammen. Zu ihrem Wahlspruch wählten sie: "Amico fides, patria vita, Deo omnia". Noch während des Krieges wurde die neue Verbindung durch den Vorortspäsidenten als Freie Vereinigung in den Verband aufgenommen. Alpinia bildete in den folgenden Jahren ein Zentrum des CV-Lebens in Innsbruck. 1944 veranstaltete sie eine Hochschulwoche, die sogar die Möglichkeit zu einem Treffen mit Wiener und Grazer Cartellbrüdern gab.

Kaum anderswo entstanden schon so kurz nach der Besetzung Österreichs Zellen des Widerstandes wie in Kreisen des Cartellverbandes. Einige Gruppen wurden aufgedeckt, doch die Bewegung wuchs weiter. Die Standarte 105 (in römischen Ziffern CV) spielte in der österr. Widerstandsbewegung eine bedeutende Rolle. Vor allem beim Aufstand in Innsbruck war der CV maßgeblich beteiligt. Noch in den letzten Tagen des Dritten Reiches büßten zahlreiche CVer ihr mutiges Eintreten für ihre Überzeugung mit dem Tode. Aber mit dem Zusammenbruch ging auch diese Zeit vorüber. Der österr. CV erstand aufs Neue.